Javadoc を生成したいプロジェクトを選択し、次へ進みます。
次の画面はよくわからないのでそのままで次へ進みます。
下の画像のように Javadoc 追加オプションに以下を追加します。
-encoding UTF-8
-charset UTF-8
-charset UTF-8
Finish で 文字化けしていない Javadoc が生成されると思います。
参考
クラウドサービスプラットフォーム Cosminexus:EclipseからJavadocを生成するには?:ソフトウェア:日立
comscom@Wiki - Eclipse/Javadoc/Javadocの日本語が文字化けしちゃうの。